مرحوم آیت‌الله‌العظمی میرزا محمدعلی شاه‌آبادی در دوران حیات خویش از محضر درس این اساتید بهره‌مند شده‌اند:
1 . مرحوم آیت‌الله شیخ احمد مجتهد بیدآبادی، برادر بزرگتر آیت‌الله شاه‌آبادی، متولّد 1279 و متوفّای 1357ق که به اذعان بسیاری از علما، پیش از آن‌که به سنّ بلوغ برسد به مقام اجتهاد نائل آمد.
2 . مرحوم علامه میرزا محمّدهاشم خوانساری چهارسوقی، صاحب اصول آل الرسول (برادر صاحب روضات) که از اساتید آیت‌الله شاه‌آبادی در دوران اقامت ایشان در اصفهان بوده‌اند.
3 . میرزای جلوه (میرزا ابوالحسن طباطبایی اصفهانی) متوفای 1314ق که یکی از حکمای اربعه بوده‌اند و در عصر قاجار در تهران اقامت داشته است و آیت‌الله شاه‌آبادی از درس فلسفة ایشان استفاده کرده‌اند.
4 . مرحوم آیت‌الله میرزا هاشم گیلانی اشکوری مشهور به آقا میرزا هاشم رشتی، متوفای 1332ق، صاحب حاشیه بر مصباح الأنس که استاد عرفان آیت‌الله شاه‌آبادی در تهران بوده‌اند.
5 . مرحوم آیت‌الله میرزا محمّدحسن آشتیانی متوفای 1319ق، که از شاگردان مبرز شیخ انصاری بود و آیت‌الله شاه‌آبادی قبل از رفتن به نجف از دروس فقه و اصول ایشان در تهران استفاده می‌کردند.
6 . مرحوم آیت‌الله ملا محمّدکاظم خراسانی (صاحب کفایه)
7 . مرحوم آیت‌الله شیخ فتح‌الله شریعت اصفهانی (شیخ الشریعه)
8 . مرحوم آیت‌الله حاج میرزا حسن خلیلی که در سال 1326ق در مسجد سهله وفات یافتند. آیت‌الله شاه‌آبادی از محضر درس این سه استاد اخیر در دورة اقامت هفت سالة خود در نجف استفاده کرده‌اند.
9 . مرحوم آیت‌الله میرزا محمّدتقی شیرازی (میرزای دوّم)