شذره‌نویسی در تاریخ تمدن اسلامی امری عام و فراگیر بوده است و بسیاری از علما و اندیشمندان مختلف در حوزه‌های تخصصی یا مورد علاقه خود، آثار و تصنیفاتی را فراهم می‌کردند و آن را تحت عنوان «شذره» یا سایر مشتقات این کلمه در اختیار خوانندگان قرار می‌دادند.
این کتاب با انگیزه بررسی مشکلاتی که مسلمانان به آن‌ها مبتلا هستند و ارائه راهکار برای آن‌ها تألیف شده است. «شذره» به معنای تکه‌های طلا یا مروارید کوچک است. کتاب از پنج شذره و هر شذره از بندهایی تشکیل شده که با عنوان «معرفه» از هم متمایز گشته است:
شذره اول
در این شذره ایشان با بیان این‌که ابتلای مملکت اسلام به «امراض مزمنه و مهلکه، از انتشار عقاید باطله و اخلاق رذیله و افعال قبیحه» به جایی رسیده که «نمی‌توان جامعه را نسبت انسانیت داد» چه رسد به اسلامیت و این مرض‌ها روزبه‌روز در حال شدت است تا به جایی برسد که اسم اسلام را مانند رسم اسلام محو نماید. سپس ایشان اسباب این مرض را غرور مسلمانان به حقانیت خود و قناعت به اسلام انفرادی، یأس از اثرگذاری، تفرقه میان مسلمانان و نداشتن بیت المال برمی‌شمارند. راه حل ایشان بر پایه دو اصل کلی «تمسک به ریسمان نبوت و ولایت» و «توسعه اجتماعات مذهبی (ریسمان اخوت)» بنا شده است. بر این اساس ایشان چهارده فرع را استخراج می‌کنند.
شذره دوم
در شذره دوم ایشان سیاسی بودن اسلام را مطرح می‌نمایند و سیاست اسلام را بر دو رکن سیاست عِدّه و سیاست عُدّه استوار می‌دانند. برای تأمین سیاست عِدّه، تشکیل جامعه مومنان را بر اساس اخوت به‌تفصیل بیان می‌کرده، در ادامه ارکان اخوت را تشریح می‌کنند. در بخش پایانی شذره دوم، سیاست عدّه را از مبدأ نیاز انسان به دنیا و دین تبیین می‌نمایند.
شذره سوم
شذره سوم با روایتی از پیامبر اکرم صلی‌الله‌علیه‌وآله آغاز می‌شود که سی حق مؤمنان را بر یکدیگر مطرح می‌کند. ایشان در هفت بخش (هفت درجه) این سی حق را شرح می‌کنند. درجات اول تا سوم (قبول هدیه، اجابت دعوت، مکافات صله) را در شذره سوم و درجات چهارم تا هفتم را در شذره چهارم توضیح می‌دهند.
شذره چهارم
در این شذره به ادامه شرح حدیث در چهار درجه (شکر نعمت صدیق، حفظ خلّت اخوان، حفظ ناموس و عیادت بیمار) پرداخته شده است.
شذره پنجم
به تناسب بحث از عیادت بیمار و حال احتضار، در این شذره ایشان معارفی را درباره مرگ و برزخ بیان کرده‌اند.
شذره ششم
رساله مستقلی از آیت‌الله شاه‌آبادی با نام «المعارف» موجود است که از جهت محتوایی و سیاق نگارش با کتاب شذرات سازگاری دارد. لذا در چاپ بنیاد علوم و معارف اسلامی، که به تصحیح حجت الاسلام سعید شاه‌آبادی در سال 1380ش منتشر شده، این رساله با عنوان شذره ششم اضافه شده است. مطالب این شذره با موضوع فطرت انسان و ویژگی‌های آن، با تفصیل بیشتر در بخش سوم کتاب رشحات البحار (الانسان و الفطره) آمده است.
در انتهای چاپ تصحیح شده بنیاد، رساله «شرکت مخمس» آمده است. ایشان پس از آنکه لزوم اجتماع مؤمنان را با یکدیگر و فوائد آن را و با عنوان جامعه «ناحیه مقدسه اسلام»، در شذره اول و دوم برمی‌شمارند، طرح عملی خود را برای این هدف در قالب تأسیس شرکت مخمس مطرح نموده‌اند. به این ترتیب سه دسته از مؤمنان، دعاة اسلام (قاطبه مجتهدان عدول که رؤسای ناظر جامعه ناحیه مقدسه اسلام‌اند)، رعاة اسلام (قاطبه ائمه جماعات و وعاظ و متعلمین علوم اسلامی) و حماة اسلام (قاطبه ملت مسلمان‌اند)، قسمتی از مال خود را در شرکت گذاشته تا بعد از مخارج شرکت، منافع آن را تخمیس کنند. خمس سود آن را برای قرض‌الحسنه و خمس دیگر سود آن را به عنوان خمس واجب برای اعانت و ترویج اساس اسلام مقرر کنند. سپس ایشان مباحث مربوط به شرکت را در شش بخش (جهه) بیان کرده‌اند:
- امور راجع به اصل شرکت
- امور راجع به مال‌الشرکه
- شرایط امین شرکت
- رابطه شرکا
- شرایط اعانه
- شرایط قرض الحسنه
نسخه‌ای از «نظام‌نامه شرکت مخمس» در 11 صفحه به تاریخ آذر ماه 1306 چاپ شده که در چاپ‌های کتاب شذرات وجود ندارد. تاریخ انتشار این نظام‌نامه نشان می‌دهد که طرح آیت‌الله شاه‌آبادی از سال‌ها قبل جنبه عملی به خود گرفته بوده است. همانطور که نسخه اولیه و خطی کتاب برای سال 1302ش است که تا زمان چاپ ظاهراً تغییراتی کرده بوده است.
این کتاب اولین بار در سال 1361ق (1321ش) و بار دوم در سال 1365ق (1325ش) در زمان مرحوم شاه‌آبادی منتشر شده است. چاپ بنیاد علوم و معارف که کامل‌ترین و صحیح‌ترین نسخه منتشر شده از کتاب است، «معرفه»ها پشت سر هم شماره‌گذاری شده و با احتساب مطالب شذره ششم و شرکت مخمس، 228 معرفه را دربرمی‌گیرد. آیت‌الله نورالله شاه‌آبادی این کتاب را ترجمه و شرح کرده که در سال 1386ش از سوی پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی منتشر شده است. چاپ اخیر کتاب تنها پنج شذره را دربردارد و شذره ششم و شرکت مخمس در آن نیست. همچنین از نسخه‌ای استفاده شده که تعدادی از معرفه‌های شذره‌های اول تا سوم را نیز ندارد.